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Mikroskopie-Treff.de - Übersicht  -  Mikroskopie
Thema: Datenformat

 
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cmellen



Anmeldung: 17.07.2001
Posts: 42
Wohnort: 48149 Muenster

BeitragVerfasst am: 25.06.2002, 10:07
   Titel: Datenformat

Antworten mit Zitat

Hallo Doss,

ich kann (mindestens teilweise) den Frust nachvollziehen, wenn man
mit vielen kleinen Programmen arbeitet, wahrscheinlich noch unter
verschiedenen Betriebssystemen, und die aufgenommenden Bilder
einen langen Weg durch diverse Applikationen zuruecklegen.

Zum einen muss man sicherlich als professioneller Anwender
eine Loesung suchen, die die Vielzahl der Applikationen auf eine
einzige reduziert.
Im privaten "Amateur" Bereich ist natuerlich nicht immer
das Budget fuer die komplette Loesung gegeben; hier ist man
eher schon "zufrieden", wenn das Ergebnis durch einen langen
Prozess von aneinandergereihten Share~ und Freeware Produkten
entsteht.

Im Mikroskopischen Bereich gibt es aber schon heute eine klare
Definition fuer ein DateiFormat, das sicherlich allen schon bekannt
ist und das viele features bietet, die Du ansprichst: TIFF.

links: a) HDF home page
b) TIFF Definition, etwas aelter: TIFF format definition
c) original Adobe Definition: Adobe TIFF def

Man erkennt, dass also im tiff header Informationen wie zB Mikroskopische Daten, Vergroesserung, Kalibrationsdaten, Lichtstaerke, etc schon recht gut verarbeitet werden. Auch die Moeglichkeit von "Overlays" ist in einem TIFF file bereits gegeben.
Selbst mehr als 8 bit pro Farbkanal sind von Adobe schon vor
Jahren klar definiert worden.

Aber leider haelt sich zB M$ nicht daran, regulaere TIFF files mit 16bit
Grauwerten koennen zB nicht im Office Paket geladen werden....

Jedoch wird selbst das beste Format mit vielen definierbaren
Feldern nicht eine regulaere Datanbank ersetzen koennen.


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doss



Anmeldung: 10.04.2002
Posts: 3
Wohnort: Leipzig

BeitragVerfasst am: 25.06.2002, 21:34
   Titel: Datenformat

Antworten mit Zitat

Hallo,

Jeder Hersteller hat sein eigenes Datenformat. Die Übergabeformate sind immer noch die alten Grafikformat gif und bmp. Doch in diesem Format ist die eigentliche Information verloren.
Ich habe deshalb mal das Internet durchforstet. Dabei bin ich auf ein interessantes Datenformat HDF5 gestoßen.
Es speichert die Daten in Blöcke und es können zusätzliche Blöcke wie Datum oder Einstellung am Mikroskop eingefügt werden.

Ich habe immer das Problem, nach der Bildbearbeitung hebt man immer das bearbeitet Bild auf und die Rohdaten sind verschwunden.
So können z.B. die bearbeiteten Daten und die Rohdaten einen getrennten Block erhalten. Das Format wird auch schon von der NASA eingesetzt. Unter Linux gibt es bereits Quellcode zur Handhabung solcher Datenfiles.
Hat jemand Erfahrung mit HDF5 oder einem ähnlichen Datenformat?


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